Die Anatomischen Sammlungen zu Halle (Saale) sind mit etwa 8000 Präparaten die umfangreichsten ihrer Art in Deutschland. Es sind Lehr- und Forschungssammlungen. Sie gliedern sich in einen human-anatomischen und einen vergleichend-anatomischen Sammlungsbereich. Ihr Kernstück bilden die Präparate der Meckelschen Sammlung der berühmten Ärztefamilie Meckel. Die Sammlung war eine private Kollektion. Sie wurde von Johann Friedrich Meckel d. Ä. (1724-1774) in der Mitte der 18. Jahrhundert in Berlin begründet. Meckel d. Ä. wirkte am Collegium medico-chirurgicum als Professor für Anatomie, Botanik und Geburtshilfe. Sein Sohn Philipp Friedrich Theodor Meckel (1755-1803) erbte die Sammlung und brachte sie mit nach Halle. Er wurde 1777 zum Professor für Medizin und Anatomie an die Universität Halle berufen und vertrat als Ordinarius die Fachgebiete Anatomie, Chirurgie und Geburtshilfe. Philipp Meckel kam aber erst 1779 nach Halle. Er erweiterte die Sammlung auf etwa 3500 Präparate. Sein Sohn Johann Friedrich Meckel d. J. (1781-1833), der berühmteste Vertreter der Ärztefamilie Meckel, war Professor für Anatomie und Physiologie an der halleschen Friedrichs-Universität und baute die Sammlung nach seinen Angaben auf etwa 16.000 Präparate aus. Meckel d. J. war ein hervorragender Anatom. Er befasste sich wissenschaftlich vor allem mit der Teratologie, der Lehre von den Fehlbildungen, und mit der vergleichenden Anatomie. Man kann ihn als Begründer der Entwicklungspathologie und Syndromologie bezeichnen. Das Meckelsche Divertikel und das Meckel-Syndrom sind nach ihm benannt. Nach dem Tod Meckels d. J. verkaufte die Ehefrau Friederike geb. von Kleist 1836 die Sammlung an die hallesche Universität für 25.000 Taler. Anfang der 40er Jahre des 19. Jahrhunderts wurde die Sammlung vom Riesenhaus, dem Wohnhaus der Meckel-Familie, in die ehemalige bischöfliche Residenz in Halle umgelagert, wo sich seit Jahrzehnten die Anatomie befand. Die Räumlichkeiten waren völlig unzureichend, um die Präparate ordentlich unterbringen zu können, sodass Eduard d’Alton (1803-1854), der Nachfolger Meckels d.J. im Amt des Anatomen, nicht in der Lage war, viele Präparate vor dem Verfall zu schützen. Dennoch haben sich wertvolle Präparate bis in die Jetztzeit erhalten. Um die Bedingungen für die Anatomie und damit auch für die anatomischen Sammlungen zu verbessern, wurde ein neues Anatomisches Institut erforderlich. Es entstand vor dem Steintor und wurde am 22. November 1880 durch Hermann Welcker (1822-1897), den ersten Hausherrn dieses Instituts, feierlich eingeweiht. 1880 gelangten die anatomischen Präparate in das neue Gebäude und fanden eine großzügig angelegte Heimstatt vor. Die Stücke – etwas mehr als 7000 – wurden in mehreren Etagen des neuen Anatomie-Gebäudes untergebracht. Inzwischen waren neue Lehr- und Forschungspräparate zu den übrig gebliebenen Stücken der Meckel-Sammlung hinzugekommen. Sie waren von den Nachfolgern und vor allem von Hermann Welcker hergestellt und angeschafft worden. Dazu gehörte auch die „Collectio Welcker“, die vorzügliche Schädelsammlung Welckers. Außerdem wurde 1920 die wertvolle Wilhelm-Roux-Sammlung für Entwicklungsmechanik integraler Bestandteil des Sammlungsarsenals. Wilhelm Roux (1850-1924) ist der Begründer der Entwicklungsmechanik.
Die Sammlungen werden zu Ehren der Anatomen Meckel als Meckelsche Sammlungen bezeichnet werden. Zu den Anatomen Meckel gehören noch Albrecht August Meckel (1789-1829), Professor für Anatomie und Gerichtsmedizin in Bern und Sohn aus zweiter Ehe von Philipp Meckel, und Johann Heinrich Meckel von Hemsbach (1821-1856), Professor der pathologischen Anatomie in Berlin und Sohn von Albrecht August Meckel. Großen Anteil an der Herstellung und Erhaltung der Sammlungsstücke hatten auch die anatomischen Präparatoren des 19. und 20. Jahrhunderts. Heute umfassen die Sammlungen etwa 8000 Präparate, darunter sind wichtige Präparate aus der Meckelzeit, z. B. die Skelette zum Meckelsyndrom, einer genetisch bedingten Fehlbildung, das Trockenpräparat zur seitenverkehrten Lage der Brust- und Bauchorgane, weitere Präparate zu menschlichen und tierischen Fehlbildungen, hochwertige Korrosions- und Injektionspräparate zur Darstellung von Blutgefäßen, menschliche und tierische Skelette und Schädel; inmitten des Sammlungsarsenals das berühmte Skelett von Philipp Meckel, der zu Lebzeiten letztwillig festgelegt hatte, dass er nach dem Tod seziert, skelettiert und das Skelett in einem Schrank aufgestellt wird. Auch interessante Präparate aus der Nach-Meckel-Zeit sind zu bestaunen.
Die Räume des vergleichend-anatomischen Sammlungsbereiches wurden 2009, dank der großzügigen Unterstützung durch die Medizinische Fakultät, umfassend saniert und in einen sehr guten Zustand gebracht. Über Jahre konnten auch ABM-Kräfte eingesetzt werden, um die Sammlungsbestände zu inventarisieren, katalogisieren und dokumentieren. Die Sammlungsbereiche wurden über Jahre wissenschaftlich aufgearbeitet. Im Juni 2015 wurden sie in das Verzeichnis national wertvoller Kulturgüter aufgenommen.
Zur umfassenden Darstellung der Geschichte der Sammlungen siehe Schultka: Die Meckelschen Sammlungen. Entstehung, Werdegang, Schicksal, Präparate der Anatomischen Sammlungen zu Halle (Saale). Verlag Janos Stekovics, Wettin-Lobejün, 2017